Pangkat Bintang Satu atau Brigjen TNI diraihnya saat menjabat sebagai Komandan Korem 033/Wira Pratama, Kodam I/Bukit Barisan (2014-2015). Berikutnya, Eko Margiyono dipercaya menduduki jabatan Wakil Asisten Operasi Kepala Staf TNI AD (2015-2017), serta Kepala Staf Kodam Jaya (2017).
Masih di tahun 2017, tepatnya 27 Oktober 2017, Eko Margiyono memeroleh promosi untuk menjabat Gubernur Akademi Militer (Akmil) dan mendapatkan kenaikkan pangkat menjadi Mayjen TNI dengan dua bintang di pundak.
Setahun menjabat sebagai Gubernur Akmil, Mayjen TNI Eko Margiyono dipercaya untuk menjabat sebagai Komandan Jenderal (Danjen) ke-30 Kopassus pada (2018-2019), dan saat ini menduduki jabatan Panglima Kodam Jaya ke-33.
Atas dedikasi dan pengabdiannya, Mayjen TNI Eko Margiyono diganjar sejumlah penghargaan dari negara di antaranya Satya Lencana Seroja, Satya Lencana GOM IX/Raksaka Dharma, Satya Lencana Dharma Nusa dan Satya Lencana Dwija Sistha. (Boy)