Sekitar 1950-an, di Kota Jayapura (dulu Hollandia) terdapat dua liga sepak bola, yaitu Voetbalbond Hollandia en Omstreken (VHO) dan Voetbal Bond Hollandia (VBH). Klub-klub dari liga tersebut bermain di lima lapangan yang ada di Hollandia atau Jayapura sekarang, dan salah satunya adalah Stadion Mandala atau Lapangan Dok V.
Stadion Mandala pertama kali direnovasi pada 1972-1973 oleh mantan Pangdam XVII/ Cenderawasih Brigjen Acub Zainal. Acub Zainal juga yang mengagas diselenggarakannya Laga Acub Zainal Cup, yaitu pertandingan sepak bola antarkabupaten di Provinsi Irian Jaya.
Stadion Mandala direnovasi pertama kali pada 1972 dan selesai pada 18 Januari 1973 yang kemudian diresmikan oleh Menteri Ekuin dan Ketua KONI Pusat saat itu, Sri Sultan Hamengku Buwana IX.
Acub Zaenal lahir pada 19 September 1927 dan meninggal di Jakarta, 4 Oktober 2008, pada umur 81 tahun. Acub Zaenal adalah seorang tokoh militer dan politik Indonesia yang pernah menjabat sebagai Gubernur Papua periode 1973–1975.
Sebelumnya, Acub Zaenal menjabat sebagai Pangdam XVII/Cenderawasih periode 1970–1973. Dia juga merupakan salah satu pengurus teras PSSI periode tahun 80-an dan pendiri klub sepak bola Perkesa 78 dan Arema Malang. Ia juga menjadi pemrakarsa pemugaran Stadion Mandala menjadi stadion milik KONI Papua yang bentuknya dinilai bagus dan telah memiliki tribun.
Setelah dilantik menjadi Gubernur Irian Jaya (sekarang Papua) pada 1973, agenda pemerintahannya yang pertama adalah merombak Kantor Gubernur Papua, memugar Stadion Mandala, dan membangun GOR Jayapura. Oleh karena itu nama Acub Zaenal sangat dikenang oleh Masyarakat Papua. “Bapa Acub Zaenal memberikan hati kepada masyarakat Papua,” kata Willem, warga kota Jayapura.
Pada 2009, Stadion Mandala direnovasi untuk disesuaikan dengan standar internasional menyambut ajang internasional yang mungkin akan dijalani oleh Persipura Jayapura. Pada renovasi tersebut, Stadion Mandala dipasang papan skor digital dan big screen yang harganya mencapai Rp10 miliar serta lampu stadion berharga sekitar Rp7,8 miliar.
Selain itu, Stadion Mandala juga mendapat tambahan ruang ball boy, ruang pijat, dan ruang internet berkecepatan tinggi untuk tempat jumpa pers dengan wartawan. Stadion Mandala juga memiliki kualitas rumput yang hanya ada di tiga stadion di Indonesia, yaitu di Stadion Jakabaring Palembang, Stadion GBK, dan Stadion Mandala sendiri.
Pada 2019, Pemerintah Provinsi Papua melalui Dinas PUPR kembali melakukan renovasi terhadap Stadion Mandala dengan menggunakan anggaran dana APBD 2019. Stadion Mandala direnovasi secara keseluruhan mulai dari drainase lapangan, rumput, kursi penonton, hingga lampu disesuaikan standar dari AFC.
Untuk mendukung pelaksanaan Pekan Olahraga Nasional (PON) XX 2021 di Jayapura lalu, lampu stadion ini ditambah berkapasitas 1.200 Lux dan rumput lapangan diganti Zoysia matrella.(indonesia.go.id)