Berikut ketentuan protokol kesehatan yang tertuang dalam SE:
1. Setiap individu yang melaksanakan perjalanan orang wajib menerapkan dan mematuhi protokol kesehatan 3M, yaitu: memakai masker, menjaga jarak dan menghindari kerumunan, serta mencuci tangan dengan sabun atau menggunakan hand sanitizer.
2. Pengetatan protokol kesehatan perjalanan orang yang perlu dilakukan berupa:
a. Penggunaan masker wajib dilakukan dengan benar menutupi hidung dan mulut;
b. Jenis masker yang digunakan oleh pelaku perjalanan adalah masker kain 3 lapis atau masker medis;
c. Tidak diperkenankan untuk berbicara satu arah maupun dua arah melalui telepon ataupun secara langsung sepanjang perjalanan dengan moda transportasi umum darat, perkeretaapian, laut, sungai, danau, penyeberangan, dan udara; dan
d. Tidak diperkenankan untuk makan dan minum sepanjang perjalanan penerbangan bagi perjalanan yang kurang dari 2 jam, terkecuali bagi individu yang wajib mengkonsumsi obat dalam rangka pengobatan yang jika tidak dilakukan dapat membahayakan keselamatan dan kesehatan orang tersebut.
3. Pelaku perjalanan dalam negeri harus mengikuti ketentuan sebagai berikut:
a. Setiap orang yang melaksanakan perjalanan dengan kendaraan pribadi maupun umum bertanggung jawab atas kesehatannya masing-masing, serta tunduk dan patuh pada syarat dan ketentuan yang berlaku;
b. Setiap pelaku perjalanan dalam negeri wajib menggunakan aplikasi PeduliLindungi sebagai syarat melakukan perjalanan dalam negeri;
c. Pelaku perjalanan jarak jauh dengan moda transportasi udara dari dan ke daerah di wilayah Pulau Jawa dan Pulau Bali serta perjalanan antarkabupaten atau antarkota di dalam wilayah Pulau Jawa dan Pulau Bali wajib menunjukkan persyaratan sebagai berikut:
